Mieści się w zabytkowej, typowej dla XIX-wiecznych uzdrowisk, drewnianej willi "Romanówka". Obiekt usytuowany do roku 1990 przy ul. Piłsudskiego rozebrano i po remoncie konserwatorskim w latach 1992-1994 odtworzono na nowym miejscu w centrum miasta, przy Bulwarze Dietla, naprzeciwko Starego Domu Zdrojowego.

W muzeum szeroko przedstawiona jest twórczość jednego z najsłynniejszych na świecie malarzy z kręgu malarstwa intuicyjnego, Nikifora (ok. 1895-1968 r.), niemal całe życie mieszkającego w Krynicy. Są tu obrazy Nikifora pochodzące z wszystkich okresów jego twórczości; zarówno akwarele, gwasze, jak i rysunki prezentujące róźnoraką, charakterystyczną dla twórczości artysty tematykę: pejzaże z cerkwiami i kościołami, architekturę krynicką, wnętrza, dworce, urzędy, "fabryki dolarów", portrety, itp. Część dokumentacyjną wystawy stanowią pamiątki po Nikiforze, publikacje poświęcone malarzowi oraz jego fotografie. Muzeum jest również miejscem prezentacji wystaw znanych artystów z kręgu sztuki nieprofesjonalnej i ludowej.

Otwarcie Muzeum Nikifora zostało uznane za najciekawsze wydarzenie muzealne roku 1995. Zgromadzono tu obrazy i pamiątki po Nikiforze, malarzu samouku urodzonym około 1895, którego twórczość "odkryta" w latach 30., określona mianem sztuki naiwnej, zdobyła rozgłos również poza granicami Polski. Nikifor, stale mieszkający w Krynicy i od 1962 nazwany Krynickim, pozostawił po sobie ponad 2000 akwarelek. Na papierze, tekturze, pudełkach itp. najczęściej malował bardzo kolorowe pejzaże miejskie, budynki, kościoły, rzadziej sceny religijne i portrety, a obrazki swoje sygnował podpisami, które są bezsensownymi zestawami liter.

W Muzeum zgromadzono 77 prac Nikifora, w większości z okresu międzywojennego, uznanego za najlepszy w jego twórczości. Pokazany jest też jego skromny warsztat malarski, słynna skrzynia, w której przechowywał cały swój dobytek, pieczątki, które sam robił, zdjęcia artysty z ostatnich 10 lat życia (jedyne, jakie miał) zrobione przez jego prawnego opiekuna, plastyka Mariana Wosińskiego. Na ekspozycji znalazły się również poświęcone Nikiforowi książki i artykuły autorów polskich i zagranicznych, plakaty, katalogi wystaw i zaproszenia na nie.

Muzeum jest również miejscem prezentacji wystaw znanych artystów z kręgu sztuki nieprofesjonalnej i ludowej.